En 1987, le procès de Klaus Barbie à Lyon permet à plusieurs acteurs historiques de la colonie d’Izieu de se réunir plus de quarante années après les faits : Sabine Zlatin, fondatrice de la colonie en 1943, Pierre-Marcel Wiltzer, ancien sous-préfet de Belley, Gabrielle Tardy (Perrier, de son nom de jeune fille), institutrice à la colonie, Léon Reifman, médecin, Paulette Pallarés, qui aida les éducateurs au cours de l’été 1943, et certains de ceux qui, enfants, furent accueillis à la colonie (Paul Niedermann, Samuel Pintel, Hélène, Bernard et Adolphe Waysenson, etc.) ou leurs familles (Fortunée Benguigui, Alexandre et Ita-Rose Halaunbrenner etc.).
L’association du « Musée mémorial des enfants d’Izieu » est officiellement créée le 4 mars 1988.
Son premier conseil d’administration rassemble notamment, autour de Sabine Zlatin et Pierre-Marcel Wiltzer, élus locaux et représentants de l’État, de l’Office National des Anciens Combattants et Victimes de Guerres, ainsi que du Conseil Représentatif des Institutions juives de France.
L’association se fixe pour but d’ouvrir sur le site d’Izieu un mémorial à vocation pédagogique.
En juillet 1990, grâce à une souscription nationale, l’association acquiert la maison qui hébergea la colonie. Le président de la République, François Mitterrand, inscrit au programme des Grands Travaux le projet d’un musée dédié aux enfants d’Izieu.